2010年12月，南區一期開診運行。神經外科、神經內科、心臟大血管外科、心血管內科、康復醫學科等優勢學科主體搬入南區，安徽省腦立體定向神經外科研究所、安徽省心血管病研究所等研究機構進駐南區。

2017年12月，南區二期開診。整個南區開放床位近2000張，污水處理站日處理量可達1200噸。